恒溫恒濕試驗箱都提供兩種水循環的方式，一種是重復利用，另外一種是不重復使用直接作為廢水排出。
恒溫恒濕試驗箱如果選擇重復利用則可以延長兩次加水的時間或者節約純凈水的使用量，相對來講成本較低，但是因為水在試驗箱中會受到污染，如果重復利用，長時間會導致水箱受到污染而使得水無法滿足試驗要求。例如水中的有機物增加而污染試驗樣品，這可能導致試驗結果的失效。
對于水循環強烈推薦使用后的水直接作為廢水排出，從而保證試驗結果不受影響，另外也可以保障設備的正常運行。如果需要進行溫濕度循環，此時水的用量較大，一般的水箱只可以滿足一至兩天的試驗需求，如果周末需要繼續試驗，需要有人值班，從而保證恒溫恒濕試驗箱持續運行。如果對于水箱的大小有顧慮需要經常補充水的，可以考慮增加一套純凈水裝置來提供所需要的水，這樣就不需要擔心由于缺水而無法繼續產生所需要的濕度環境。
